一、營養因素
如果鈣、磷和維生素D不足，則會導致蛋殼形成顯著減少。銅缺乏會導致蛋殼膜缺損，影響隨后在這些蛋殼膜上的鈣化作用，導致皺皮蛋和畸形蛋的產生，過量的鎂影響鈣的正常代謝，導致蛋殼變薄和骨骼軟化。畸形蛋給種雞生產造成極大的損失，找到畸形蛋形成的原因，在生產中注重預防疾病，減少各種應激，也可喂全價飼料。可以控制畸形蛋的產生。養禽管家認為，營養因素的不足只是導致畸形蛋的一種可能，當畸形蛋的比例很大的時候我們可以考慮是營養因素，但是如果只有少量的畸形蛋，我們應該多考慮一下別的因素。
二、應激因素
1、高密度應激、熱應激、噪音、強光驚嚇等應激可導致母雞繁殖同期變化，正常的繁殖同期是每26小時產一枚蛋，應急造成繁殖周期紊亂。應激促進雞體內釋放皮質類固醇激素，這種激素從雞蛋生產中轉出部分營養物質，改變激素平衡，減少采食量，促進肌肉和骨骼分解。經常處于應激狀態下的雞群，免疫力低、體輕，產蛋率低下。許多常見的蛋殼表面的缺陷就是當雞蛋經過蛋殼腺時受到強烈應激（如：驚嚇）的結果。“鈣斑”“花殼”和“白堊狀蛋殼就是由于最后一刻鈣鹽沉積過多造成的。
2、應激的蛋雞群容易生產薄殼蛋，這是由于氣喘（呼吸過度）導致酸堿平衡紊亂造成的，因為雞的喘氣，導致肺內二氧化碳損失過多，血中二氧化碳減少可導致血液PH更偏堿性，從而減少血液中游離鈣的數量，那么蛋殼腺就沒有足夠的鈣用來沉積蛋殼。這種情況，即使增加日糧中的鈣含量也無法解決問題。
但是短時間的應激不會讓雞一直產畸形蛋，經過一段時間之后蛋殼質量就會恢復。
三、疾病因素
1、雞群感染了傳染性支氣管炎、雞新城疫、減蛋下降綜合癥等疾病可引起輸卵管內表面細胞結構損害，這些細胞的損害就導致了水狀蛋白的產生和蛋殼出現問題。雞新城疫、雞傳染性支氣管炎病毒，起初感染呼吸系統，在感染呼吸系統之后，一或兩天進入血液并隨血流到達卵巢和輸卵管，病毒達卵巢，會使卵子軟化、變形、血斑，綴入腹腔，引起綴卵性腹膜炎，病毒達輸卵管膨大部，使表面細胞結構受到損害，蛋白的分泌受到影響，蛋清變稀，正常的蛋白“膨大部”消失了，導致蛋清變癟，在輸卵管狹部內產生的覆蓋在蛋清上的蛋殼膜也變得皺縮，而且覆蓋在蛋殼膜外層的蛋殼也出現皺縮，這樣就形成了皺殼蛋。
病毒達輸卵管峽部，使峽部細胞構造發生改變。如峽部過粗，則蛋形圓，峽部過細，則蛋形長，輸卵管收縮反常時，就會生兩端尖形的，扁形的蛋。病毒到達輸卵管子宮導致蛋殼腺內細胞損傷，褐殼雞蛋蛋殼顏色消失，產薄殼蛋，軟殼蛋，一端粗殼蛋，這是因為蛋殼腺的作用是負責將礦物鹽輸送到蛋殼膜并合成蛋殼色素。
上面一大段話說了好多原理，可能大家看起來也比較累，養禽管家用一句話來概括一下：疾病因素可能導致輸卵管內的某個部位的功能失調，或者是輸卵管的炎癥，使其失去了正常的功能，于是就產生了畸形蛋。
來源：金海家禽